14K Tekil Ziyaretcili Web Sitem 3-8 Saniye Geç Yanıt Veriyor

Merhabalar,

Almanya lokasyonlu hosteurope.de firmasından VPS hizmeti almaktayım. 
Sistem Özellikleri: Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2620 v2 @ 2.10GHz, 4 vCores, 8 GB Ram, 250 GB SSD, Linux, Centos 6.5, Plesk 11.0.9, Mysql InnoDb

Firmanın ping hızı (68 mms), ssh bağlantı hızı ve ftp hızı gayet normal. 

VPS üzerinde sadece 1 adet  web sitesi bulunmakta. 15K tekil, 40K-60K sayfa gösterimi yapılmakta. 

Web sitesi tamamen kendi kodlamam (php,mysql) ve hazır hiç bir kodlama kullanmadım. Minimum düzeyde mysql query ile sistemi çalıştırıyorum. 

Database de gerekli tüm index anahtarlarını düzgün şekilde oluşturuldum ve sorgularda da index sıralamasına vs dikkat ettim.

Shell den top ile baktığımda sistem kullanımım cpu ve ram olarak aşırı kullanım gözükmemekte. örnek:

Ama gel gelelim site gün içinde 3-8 saniye beklemeden sonra siteye giriş yapıyor. 
Aklıma gelen yavaşlığa neden olabilecek şeyleri test ettim ama bir türlü bir çözüm bulamadım.

Yaptığım testler ve sonuçları:

1) Nameserver bağlantımda bir yavaşlık varmı önce ona baktım. IP ile direk bağlandığımda da site aynı yavaşlık söz konusu.  Geceleri örneğin 03-05 gibi site ziyaretcilerinin az olduğu zamanlarda site tekrar hızlanıyor ama gün içinde yavaşlık söz konusu. 

2) sitede hiçbir mysql bağlantısı olmayan bir sayfa oluşturdum (düz html sayfa) ve bu sayfada da aynı yavaşlık sorunu var. 3-8 saniye bekleyip sonra giriyor siteye. (mysql ile ilgili bir yavaşlık söz konusu değil bu sayfa için)

3) sayfalara bağlı js leri devre dışı bırakıp tekrar mysql bağlantısı olmayan html ile bağlandığımdada yavaşlık sorunu devam ediyordu.

4) yavaş sorguları kaydetmek için log oluşturdum. yavaş çalışan 1 adet sql sorgun vardı onuda düzelttim. 

5)  hotlink ile dışardan resim,js, vb dosyaların çekilmesini htaccess ile engelledim. 

6) VPS im daha önce normal HD de iken SSD harddisk e yükselttim. 

7) intoDNS.com dan site verilerinde herhangi bir hata gözükmemekte.

Yakında hetzner.de veya 1und1.de den dedicated almayı düşünüyorum ama ya sorunum VPS yetersizliği değilse endişesi içerisindeyim. Nihayetinde CPU ve Ram kullanımım düşük. Boşuna fazla ücret vermiş olacağım, belki şu an kullandığım sistem benim için yeterlidir. (Mevcutta ödediğim ücret 25 Euro, Dedicated a geçersem 60 Euro aylık ödemem olacak)

Aklıma gelen şeyler bunlardı ve ne yaptıysam sorunu bulamadım. Bu konuda bana gerekirse ücretli de olsa yardımcı olacak bir arkadaşın desteğine ihtiyacım var. Şimdiden teşekkür ederim. 

Herkese iyi çalışmalar.